Emir Suljagić je u svibnju 2012. godine podnio neopozivu ostavku na mjesto ministra obrazovanja i nauke u Kantonu Sarajevo. Ostavci su prethodila neslaganja s predsjednikom Socijaldemokratske partije BiH Zlatkom Lagumdžijom i nekoliko drugih članova te stranke, a Suljagić je ostavku podnio zbog stalnih pritisaka te prijetnji smrću. Podsjećanja radi, Suljagić je dobio kovertu s bojevim metkom nakon što je krajem travnja službenim dopisom uputio instrukciju svim osnovnim i srednjim školama na području Kantona Sarajevo kojom ih je obavijestio da ocjena iz vjeronauke ubuduće neće ulaziti u prosjek za opći uspjeh učenika.
Bivši ministar Suljagić dosljedno je branio svoju odluku zbog čega se sukobio s vjerskim zajednicama, tadašnjim koalicijskim partnerima iz SDA, ali i s pojedincima iz vlastite stranke, zbog čega je na kraju i podni ostavku. Međutim, kako se bivši ministar Suljagić upustio u aferu vjeronauk, koja ga je na kraju koštala ministarske fotelje, još uvijek je neispričana priča. Naime, iza inicijative za izbacivanje vjeronauke iz općeg uspjeha učenika stoji nitko drugi do sin lidera SDP-a Zlatka Lagumdžije, maloljetni Salko Zlatko Lagumdžija!, tvrdi Slobodna Bosna
Naime, Salko, koji pohađa Međunarodnu školu, kako piše Slobodna Bosna, nije bio zadovoljan izborom koji je ponuđen učenicima; žele li izučavati vjeronauk ili etiku. Stoga se mlađahni Lagumdžija požalio i za za pomoć obratio svome ocu, „starom“ lideru Zlatku Lagumdžiji, čiji je SDP voljom birača upravo bio osvojio vlast. Dugo je Lagumdžija uvjeravao sina da izabere jednu od dvije moguće opcije, ali se Salko nije dao pokolebati pa je Zlatko nazvao tadašnjeg ministra Emira Suljagića kojem je izdao partijsku direktivu da kako zna i umije riješi problem vjeronauke u osnovnim i srednjim školama u Sarajevskom kantonu.
Vjerujući da provodi politiku svoje stranke, Suljagić se obrušio na vjeronauku koju, doduše, nije mogao izbaciti iz srednjih i osnovnih škola, ali je izdao instrukciju da ocjena iz vjeronauke neće ulaziti u prosjek za opći uspjeh učenika. Mnogo kasnije, kada je Suljagić podnio ostavku i napustio SDP, jedan također bivši SDP-ovac mu je rekao da u aferi vjeronauka on nije provodio politiku SDP-a nego je zapravo udovoljavao hirovima liderovog sina Salka Zlatka Lagumdžije!