Jedan od događaja koji je obilježio ovu revoluciju bio je ustanak u Vendéeu koji se od 1793. do 1796. godine odigrao protiv republikanske vlade.
Vendée je područje na zapadnoj obali Francuske. Tu se dogodila najveća pobuna protiv nove republike. Bio je to najveći građanski rat u Francuskoj u to vrijeme, u kojem je ubijeno između 40.000 i 250.000 stanovnika Vendéea.
Klasne razlike nisu bile toliko velike u Vendéeu kao u drugim dijelovima Francuske, pa lokalno plemstvo nije bilo toliko omraženo kao u drugim dijelovima Francuske.
Sukobi, koji su bili pokretačka snaga Francuske revolucije, oslabljeni su u Vendéeu snažnom privrženošću Katoličkoj crkvi.
Kako je revolucionarna vlada pod nazivom Odbor za javnu sigurnost donijela zakon prema kojemu su crkvama oduzete imovine, a samostani raspušteni, a svećenici su morali iskazivati lojalnost novoj vladi, gotovo su svi vendenski svećenici odbili prisegnuti na vjernost novoj vladi.
Zato je Odbor u Vendéeu poslao nove svećenike iz drugih dijelova Francuske koji su bili odani Revoluciji.
Narod se pobunio 7. ožujka 1793. protiv nepravdi Republike.
Nakon početka ustanka došlo je do spontanih i nekoordiniranih ustanka od 10. do 13. ožujka u mnogim gradovima i selima.
- Mase su napale i ubile predstavnike Republike. U Masekulu je 11. ožujka gomila pretukla i nasmrt izbola 40 ljudi na ulici. Uhitili su preostalih 400 predstavnika Republike. Vezali su ih konopcima, tjerali ih da kopaju jame i ubili ih.
- Nekoliko je gradova brzo palo u ruke pobunjenika. Pobunjenici su se zatim obratili lokalnom plemstvu za vodstvo. Neki su to odbili, a drugi postali vođe. Neki su svećenici također postali dio vodstva.
- Za nekoliko tjedana pobunjeničke su snage stvorile značajnu, ali loše opremljenu vojsku zvanu Kraljevska i Katolička vojska. Osim glavne vojske, imali su 2000 konjanika i nekoliko topova. Pobunjenici su uglavnom djelovali u manjim postrojbama s gerilskom taktikom.
Republika se okupila i poslala 45.000 vojnika protiv pobunjenika u Vendéeu. Ta je vojska tek bila regrutirana. Bili su loše obučeni, slabo opremljeni i uhranjeni, s vrlo niskim moralom za borbu i nisu uspjeli ugušiti ustanak. Prekretnica je bila duga opsada Nantesa.
Odbor za javnu sigurnost izdao je 1. kolovoza naredbu generalu Jean-Baptiste Carrièreu da se oštro nosi s pobunom.
Republikanska vojska dobila je pojačanje. Vendejska vojska 17. listopada 1793. doživjela je prvi ozbiljniji poraz i počela se povlačiti.
Tisuće su poginule tijekom povlačenja. Osim toga, glad i bolesti pogoršale su nevolje.
Vendejska vojska konačno je poražena u posljednjoj odlučujućoj bitci kod Savenije 23. prosinca 1793. godine.
Vlasti u Parizu smatrale su da su izdaja i zavjera odgovorni za republikanske poraze na početku ustanka u Vandeji. Pokrenuta je vladavina terora.
- Samo u prosincu pogubili su 6000 zatvorenika. Povezali bi grupe zatvorenika i potopili ih na dno Loire.
- Među njima je bilo 400 djece, koje je zapovjednik Karije mrzio, jer je smatrao da su to budući pobunjenici.
- Od veljače 1794. republikanci su započeli konačno mirenje Vendée. Marširali su u Vendéeu u 12 kolona i nisu ubili samo preostale pobunjenike, već sve ljude koji su ih podržavali, ali i nevine.
- Uništena su imanja, sela, kuće, farme, spaljena polja i šume. Bilo je mnogo izvještaja o zločinima i masovnim ubojstvima, gdje su se ubijala bez obzira na spol ili dob.
- Kad je kampanja završila u svibnju 1796., procijenjeno je da je ubijeno između 40.000 i 250.000 stanovnika. Područje je imalo oko 800.000 stanovnika.