Komarica Federaciju BIH smatra boljim entitetom nego što je to RS. To je vidljivo iz njegovog odgovora televiziji N1:
“Ja kao građanin odgovaram na to, ali ja ne znam što se podrazumijeva pod tim entitetom. Je li RS entitet? Je l’ to znači da tu samo neki ljudi imaju pravo živjeti? Dajte omogućite ljudima pravo na temeljna ljudska prava i slobode, kako god se zvao taj entitet, kanton, županija, regija. Zašto ja kao Hrvat nemam pravo da živim na mjestu gdje su moji preci živjeli 300 godina? Ako će taj entitet biti kao RS, Bog s vama.. Svi vidimo da ne valja, hoćemo li treći entitet da još više ne valja? Mi smo predlagali 4-5 regija, a ne entiteta. Da bude jedna srednja regija sarajevska, da bude zenička, tuzlanska, eventualno zenička. Ali obavezno da bude zagarantirano ono neupitno i temeljno. Hrvatski političari nisu svoji gospodari, niti srpski. Oni su pijuni u rukama drugih. Meni kaže vodeći čovjek EK svojevremeno: Mi ne želimo sklad, nego kontrolirani kaos”, smatra biskup Komarica.