Dolaskom Austrougara veliki broj protivnika novog režima je napustio zemlju. Većinom su to bili bosanski muslimani (Bošnjaci), koji su pobjegli na prostor Osmanskog carstva – uglavnom zbog religioznih razloga i zbog nevjerice prema novoj vlasti. Određena grupa se bojala i odmazde zbog svih strahota koje su učinili kršćanima u posljednje tri godine osmanske vladavine, dok je bio aktuelan Hercegovački ustanak. To je ujedno bio prvi i najveći val iseljavanja iz Bosne i Hercegovine. Prvo su krenuli muhadžiri iz Bosanske krajine, a zatim iz Hercegovoine, da bi se potom val proširio i na srednju Bosnu i Sandžak. Većina iseljenika su bili seljaci, ali je i manji broj bogatog stanovništva napustio prostor Bosne i uputio se prema Istanbulu. Uloga bogatijeg sloja je bila da agitira Osmansko carstvo da vrši učestala politička djelovanja u cilju pritiska austrougarske vlasti, kako bi se što skorije nekadašnji Bosanski ejalet vratio pod upravu Osmanske imperije.
Savremeni historičari se žestoko spore oko toga koliki je stvarni broj iseljenika. Prema službenim podacima austrougarske vlasti, između 1883. i 1905. godine iz BiH iselilo se 32 625 osoba a vratilo se 4 042, dok se između 1906. i 1918. godine iselilo oko 24 000 osoba. Međutim, brojevi se odnose samo na one koji su dobili službeno odobrenje da napuste zemlju, a zahtjevi za odobrenje morali su se podnositi tek nakon 1883. godine, kada je već ogroman broj ljudi napustio zemlju. U broj nisu uračunate osobe koje su se iselile ilegalno, niti one koje su zemlju napustile u prve četiri godine austrougarske uprave. Prema mišljenju nekih bosanskohercegovačkih historičara ukupan broj Bošnjaka koji su napustili BiH iznosi oko 300 000. Srpska strana navodi da se iz BiH iselilo oko 60 000 ljudi. Dok objektivni izvori navode da je u periodu od 1878. do 1918. godine BiH napustilo oko 100 00 osoba, ali je i to stvar pukog nagađanja. Treba svakako navesti da se, pored Bošnjaka, svake godine iz Hercegovine u prosjeku iseljavalo oko stotinu pravoslavnih seljaka. Teško je navesti koliko Bošnjaka danas živi u Turskoj. Zvanični turski podaci spominju cifru od oko 2,5 miliona, dok diplomata Ramo Bralić smatra da Bošnjaka u Turskoj ima i do 6 miliona, koji vuku porijeklo sa Balkana.