Iako neki tvrde da je poginuo u Berlinu pod ruševinama, nakon kapitulacije Njemačke, to nikad nije dokazano, kao ni bilo koja druga teorija da je ubijenReinhard Heydrich je 1936. godinee bio na čelu Gestapoa, a Heinrich Müller je bio njegov šef operacija. Pod njegovim vodstvom, Gestapo je uništio opozicijske skupine, uključujući podzemne mreže socijalista i komunista.
Müller je 1937. promaknut u pukovnika i, konačno, službeno postao članom nacističke stranke 1939. godine, na inzistiranje vođe Reicha Heinricha Himmlera. Budući da je to povećavalo njegove šanse za daljnje napredovanje, Müller je vjerojatno pomislio: “Zašto ne?”
Godine 1939. Hitler je tražio izgovor za napad na Poljsku. Tako su Himmler, Heydrich i Müller izmislili lažni napad, koristeći zatvorenike kao pijune.
Lijepo odjeveni u poljske uniforme kako bi mogli igrati ulogu neprijateljskih napadača, zarobljenici su smatrali da će dobiti pomilovanje. Umjesto toga, Müller im je ubrizgao smrtonosne injekcije, a zatim ih je upucao kako bi “napad” izgledao stvarno. To je opravdalo nacističku invaziju na Poljsku, koja je označila početak Drugog svjetskog rata u Europi.
U međuvremenu, Heinrich Müller nastavio je svoj uspon do vrha, postajući general-poručnik policije 1941. godine. Ni jedan zadatak nije mu bio stran:špijunaža, kontra-špijunaža, ali, prije svega, pomaganje u orkestriranju konačnog rješenja židovskog pitanja.
Kao desna ruka Heydricha, jednog od glavnih arhitekata holokausta, Müller je pomogao organizirati deportacije desetaka tisuća Židova kako bi pokrenuo konačno rješenje. Kada je Adolf Eichmann, viši službenik SS-a koji je bio široko priznat kao ključni organizator holokausta, sredinom 1941. izvijestio Müllera da je Hitler konačno naredio uništenje europskih Židova, Müller je jednostavno kimnuo glavom.Masa logistike potrebna za izvršenje holokausta – deportacije, odredi smrti, masovna ubojstva i vođenje evidencije – Müller je sve to odobravao
Istodobno, nastavio je dokazivati svoju vrijednost nacističkom establišmentu na druge načine. Primjerice, nakon što je skupina odmetnutih nacista pokrenula zavjeru 20. srpnja i htjela ubiti Hitlera u operaciji Valkyre, da zbaci nacističko vodstvo, Müller je predvodio ispitivanja i uhićenja uključenih.
Uhitio je svakoga tko je imao bilo kakve, pa čak i najdalje veze sa zavjerom. Sve u svemu, nacisti su ubili gotovo 5.000 ljudi i članova njihovih obitelji. Nakon pogubljenja, Müller rekao: “Mi nećemo napraviti istu pogrešku kao u 1918. nećemo pustiti naše unutarnje neprijatelje na životu.”
Ubrzo nakon toga, tijekom posljednjih mjeseci sudjelovanja Njemačke u Drugom svjetskom ratu, stvari su izgledale sumorne za naciste, ali je Müller još uvijek bio uvjeren u pobjedu. Zapravo, on je bio jedan od posljednjih vjernika unutar Führerbunkera jer je Crvena armija opkolila Berlin u travnju 1945. godine.
Dan nakon Hitlerovog samoubojstva 30. travnja, Führerov pilot Hans Baurvidio je Müllera u bunkeru. Baur je citirao Müllera: “Znamo ruske metode. Nemam nikakvu namjeru da me Rusi zarobe.”
Međutim, dok riječi poput ovih podrazumijevaju da je možda počinio samoubojstvo, od tog dana dalje nema traga Heinrichu Mülleru. Glasine su govorile da je pobjegao i potražio utočište na sigurnom mjestu ili da su ga Amerikanci ili Sovjeti regrutirali i dali mu novi identitet.
Müller ostaje najviše rangirani nacist koji je nestao bez traga. Naposljetku, interes Sjedinjenih Država za pronalaženje nacističkih ratnih zločinaca oslabio je 1947. godine zbog nadolazećeg hladnog rata.
Dva desetljeća kasnije, 1967. godine, čovjek po imenu Francis Willard Keith iz Panama Cityja uhićen je jer se smatralo da je on Müller prema tvrdnjama njegove supruge, no otisci prstiju pokazali su da to nije točno.
Vjeruje se da je Heinrich Müller ipak poginuo pod berlinskim ruševinama 1945. Godine 2013. Johannes Tuchel, voditelj Memorijala njemačkom otporu (berlinski muzej Nijemcima koji su se opirali nacistima), dao je izjavu da je Müller umro 1945. godine, a njegovo tijelo leži u masovnoj grobnici u blizini uništenog Židovskog groblja. Tuchel tvrdi da je u trenutku smrti nosio generalsku uniformu i da je unutra i njegova iskaznica s fotografijom u lijevom gornjem džepu.
Ta tvrdnja, međutim, ostaje nedokazana. Stoga sudbina Heinricha Mülleraostaje misterija, a njegovi gnjusni zločini protiv čovječnosti ostaju nekažnjeni.