Ejup Ganić jedna je od najvećih i najopasnijih političkih kontroverzi poslijeratne Bosne i Hercegovine. Osnivač i vlasnik privatnog sveučilišta Sarajevo School of Science and Technology, bio je član Predsjedništva BiH od 1990. do 1996. godine, a od 1997. do 1999. obavljao je i funkciju predsjednika Federacije BiH.
Upravo on je jedan od najkrivljih što je Edin Gačić, pripadnik El Mudžahida, uopće na slobodi.
Da ga Ganić u svojim političkim godinama nije pomogao, odnosno smanjio mu kaznu za godinu dana, vjerojatno ga ni pravosudni sustav ne bi tek tako podržavao sve ove godine. Međutim, Ganić nije jedino Gačića pomilovao. Ubijene fra Nikicu Miličevića i fra Leona Migića, gvardijana i vikara samostana u Fojnici ubili su zločinci Armije BiH. Ubojicu je na kraju pomilovao i oslobodio upravo Ejup Ganić.
On sam uhićen je 2010. godine u Londonu s optužbom da je kriv za smrt 18 srbijanskih vojnika u Dobrovoljačkoj ulici u Sarajevu. Za Ganića je jamčevinu platila kontroverzna Sanela Jenkins, podrijetlom iz BiH s jakim vezama među protivnicima američkih Republikanaca i Donalda Trumpa, tako da je Ganić ostao neokrznut, a sudac John Laws je optužnicu nazvao politički motiviranom.
Pod istragom medija su bili i milijuni maraka Ejupa Ganića koje je zaradio u ratu, kojima je školovao djecu u Britaniji, ženi otvorio luksuznu dermatološku ordinaciju, osnovao privatno sveučilište… međutim, za razliku od spominjanih diploma iz nekih gradova i općina s hrvatskom većinom, nijedan sarajevski medij nikad nije spomenuo sveučilište Ejupa Ganića, te je onako kako je on štitio monstrume poput Gačića, političko-medijsko Sarajevo njega zaštitilo.
Kolika je njegova odgovornost u tome što Edin Gačić slobodno ubija teritorijem Bosne i Hercegovine?