Tamo je Mirko Jakovljević više puta ranjavan. Jednom prilikom u borbama oko Orašja uništio je dva tenka, no bio je teško ranjen u obje noge te se jedva izvukao. Nakon što je u lipnju 1992. godine pri Hrvatskom vijeću obrane osnovana Pukovnija “Ante Bruno Bušić”, koja je kasnije prerasla u 1. gardijsku brigadu HVO-a “Ante Bruno Bušić”, Mirko Jakovljević odlazi u rodni kraj gdje sudjeluje u obrani Komušine i drugih hrvatskih mjesta u općini Teslić.
Istodobno, provodi obuku, nabavlja oružje i okuplja stanovništvo u novoosnovanu bojnu “Andrija Tadić” koja je djelovala kao 3. bojna Pukovnije “Ante Bruno Bušić”. Jedan od značajnijih pothvata ove postrojbe bilo je uništavanje oklopnog vlaka Vojske Republike Srpske u blizini Maglaja. Kada je 24. lipnja 1993. izbio sukob između HVO-a i MOS-a (Muslimanskih obrambenih snaga) u Žepču Bojna „Andrija Tadić“ dobiva zapovijed da se iz Osove, gdje je bila smještena, probije u Žepče koje je bilo pred padom.
Zapovjednikom obrane grada imenovan je upravo Mirko Jakovljević, čija je bojna zajedno sa 111. xp brigadom HVO-a obranila Žepče, a početkom srpnja 1993. grad je u cijelosti oslobođen. Spletom okolnosti Mirko Jakovljević tada je s nekolicinom suboraca zarobio stotinjak Muslimana koji su im se predali.
U skorašnjim akcijama oslobađanja okolnih sela, Mirko Jakovljević je po peti puta ranjen te odlazi na liječenje u Republiku Hrvatsku. Ubrzo se vraća sa zapovijedi o imenovanju za zapovjednika Bojne “Andrija Tadić”.
Početkom prosinca odlazi po zapovjedi u Hercegovinu, a pri povratku Vojska Republike Srpske mu ne dozvoljava prolazak preko srpske teritorije do Žepča. Nakon toga odlazi u Dalmaciju posjetiti djevojku i sestru te u Kaštelima doživljava tešku prometnu nesreću.
Nakon sedam dana kome, na staru godinu 1993. dolazi k svijesti i započinje njegov oporavak. Ipak, 8. siječnj 1994. stanje mu se naglo pogoršalo te je unatoč hitnoj i pravovremenoj liječničkoj pomoći preminuo. Pokopan je 12. siječnja 1994. u Grudama.